因而，朱由检在让内阁票拟、司礼监批红，下达自己成立大元帅府后，便直接以大元帅府令，宣布现有十二个战区总督总兵人选。
其中。
山东战区，包括大明现控制的部分北直隶地区，户部尚书倪元璐改为右都御史任山东总督，由皇帝义妹、周遇吉之妻朱昭明任总兵官。
而周遇吉则调任淮扬任总兵官，协助朱由检训练近卫新军。
河南战区，则由吕大器由兵部左侍郎衔任河南总督兼总兵官，统辖河南军政大权。
河南乃四战之地，早已是民生凋敝，且无险可守，朱由检不放心让原本历史上投降满清的许定国统辖总兵大权，便让吕大器直接兼领。
凤阳战区，则由李邦华直接以大学士之尊担任总督，而刘芳亮任总兵官。
内阁大学士可以兼领地方总督一职，但这也只能是朱由检的绝对心腹且必须是京畿地区，以便军政协调。
应天战区，以路振飞担任总督，御马监何新任总兵官。
淮扬战区自然是李明睿担任总督，周遇吉任总兵官。
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